社交不安症の原因は遺伝的要因や環境要因などたくさんの要因が絡み合って発症すると考えられています。脳の機能や構造の異常も原因として考えられており、特に、扁桃体や前頭前野などの脳の特定の領域が、社交不安症や症状の悪化に関与しているようです。こうした要因から、セロトニン（脳内の神経伝達物質の1つ）の調整がうまく行かず、社交的な場面での過度の不安や恐怖を引き起こすとも考えられています。セロトニンの調整を促す抗うつ薬が社交不安症に効果的であることからも、セロトニンと社交不安症には強い関連性があると言えるでしょう。